Amaya ha sido habitada desde la Prehistoria. A fines de la Edad del Bronce (s.X a.C.) se detecta una mayor presencia humana para acabar convirtiéndose en la Edad del Hierro en uno de los principales castros cántabros.

Fue conquistada por los romanos en el transcurso de las Guerras Cántabras (29-19 a.C.), quienes fundaron la ciudad de Amaya Patricia.

Conquistada en el 574 por el rey visigodo Leovigildo, se constituyó en una de las principales plazas del ducado de Cantabria y en fortaleza contra las incursiones de grupos de cántabros y vascones no sometidos. En el 712, Táriq ben Ziyad conquista la ciudad y vuelve en el 714 a sofocar una rebelión, arrasándola. El dux Pedro huye a las montañas del norte.

Tras la rebelión bereber del 740, la zona queda desorganizada y no es hasta el 860 cuando el conde Rodrigo por mandato del rey asturiano Ordoño I repuebla la ciudad. Se convierte así en otra fortaleza del frente asturiano. Parece ser que la ciudad se trasladó a la llanura en torno al s.XII aunque el castillo estuvo en uso hasta el s. XIV.