Fortún no pudo asumir el gobierno a la muerte de su padre García Iñíguez en 870 pues se encontraba confinado en Córdoba. Su ausencia fue aprovechada por García Jiménez para asumir el poder y encumbrar a su familia dando lugar a una nueva dinastía real, la dinastía Jimena.

Cuando regresó a su reino, alrededor del 882, no parece seguro que recuperara el poder y puede que este siguiera en manos de García Iñíguez o de sus hijos Íñigo (II) Garcés o el futuro Sancho I Garcés. Este último recibiría el trono a la muerte de Fortún en el 905. Para otros, Fortún fue recluído en el monasterio de Leire hasta su muerte.