Parece que se casó por poderes con Berta de Francia, aunque no llegó a consumarse el matrimonio por alguna razón sexual que le mantuvo en el más estricto celibato. No tuvo hijos.

Su dilatado reinado estuvo lleno de acontecimientos, tanto militares como religiosos. Sus dominios se extendían por Asturias, Cantabria, Galicia hasta el río Miño, Bardulia y por parte de las provincias vascas (probablemente Vizcaya y Álava) aunque los límites no eran claros. Trasladó la capital de Cangas de Onís a Oviedo.

Se inicia con Alfonso un período de mayor enfrentamiento contra el Emirato de Córdoba. Hisham I había decidido acabar con la resistencia del núcleo asturiano. En 794 envió do potentes ejércitos hacia el norte. 'Abd al-Karim entró en Álava y las Bardulias, devastándolas y con el objeto de distraer la atención del rey astur. Mientras, 'Abd al-Malik penetraba en Asturias llegando hasta Oviedo que fue saqueada e incendiada haciendo huir a Alfonso II. Pero cuando los cordobeses volvían con el botín, fueron sorprendidos por una emboscada de Alfonso en la zona pantanosa de Lutos. las tropas musulmanas no pudieron maniobrar y fueron diezmadas muriendo 'Abd al-Malik. Hisham I quiso vengar esta muerte y en el 795 derrotó a Alfonso II en la batalla de Las Babias (18-IX-795) quien tuvo que huir apresuradamente hacia una fortaleza a orillas del río Nalón. Oviedo volvió a ser saqueada e incendiada.

Alfonso II se sentía en peligro y acudió a solictar la ayuda de los francos. Envió una embajada al hijo de Carlomagno, Luis de Aquitania, gobernador de la Marca Hispánica. El resultado fue la firma de un tratado en Toulouse para combatir conjuntamente a los cordobeses.

Hisham I murió en el 796. Le sucedió su hijo al-Hakam I, quien a pesar de sus problemas internos, envió una nueva aceifa contra el reino asturiano en 797. De nuevo el general 'Abd al-Karim dirigió al ejército subiendo por el río Ebro y saqueó al-Qilá, el "pais de los castillos". Pero los continuos desórdenes del emirato obligaron a retrasar una nueva aceifa hasta el 801. Esta inactividad fue aprovechada por Alfonso II para llegar hasta Lisboa, devastarla e incendiarla, volviendo con un ingente botín.

En el 801, al-Hakam I vuelve a la ofensiva y envia a Mu'awiya hacia al-Qilá y Álava. Fue emboscado en las Conchas de Arganzón y aunque Mu'awiya consiguió volver a Córdoba murió dos meses después angustiado por las terribles pérdidas de su ejército. En el 805 otra aceifa al mando de Abu 'Utman 'Ubaih Allah fue derrotada en las Hoces del Pisuerga; en 808, Hisham, hijo de al-Hakam I, realizó una victoriosa aceifa en Galicia. Alfonso II respondió en el 809 con una ofensiva que llegó hasta el río Henares.

En el 812 los francos toman Pamplona. al-Hakam I, temeroso de una alianza entre francos y asturianos, envió en la primavera del 816 un potente ejército a las órdenes de 'Abd al-Karim y presentó batalla en el río Orón, en las cercanías de Miranda de Ebro. Ambos bandos sufrieron fuertes pérdidas pero los cordobeses no consiguieron avanzar y se retiraron a los tres días.

Muerto al-Hakam I en el 822, le sucede su primogénito, 'Abd al-Rahman II, quien de nuevo ha de hacer frente a multitud de problemas internos. Despejada la situación, lanza una triple ofesiva contra el reino astur. 'Abd al-Karim penetró en Álava y la devastó. Mientras los hermanos Malik Quarishim y al-Abbas Quarishim avanza con un movimiento de tenaza por Galicia. Alfonso II se dirigió hacia Galicia interceptando al ejército de al-Abbas en el río Naharón, cerca de Cursul, y lo derrota. Otro ejército asturiano esperaba a Malik en el Coto de Barazal y derrota a los cordobeses.

'Abd al-Rahman II seguirá enviando aceifas primavera tras primavera, consiguiendo botines pero sin quebrantar la fortaleza de Alfonso II, quién llegó a responder llegando en una ocasión hasta Medinaceli.

En el ámbito religioso va a ocurrir un hecho trascendental. En el 813, cerca de Iria Flavia, se descubrió el supuesto sepulcro del apóstol Santiago el Mayor. Alfonso II se trasladó al lugar y dió consentimiento para edificar sobre la tumba una iglesia y edificios para albergar una comunidad de benedictinos. En treinta años, el sepulcro se convertiría en un centro de peregrinación gracias ala protección regia y al celo del obispo Teodomiro. Compostela se convertiría en la capital religiosa y cultural del reino de León, y acogería a peregrinos de toda Europa. Este descubrimiento vino a dotar a la lucha entre asturianos y cordobeses una poderosa fe y dió un nuevo sentido a la lucha, convirtiéndose también en una guerra de religión.

Alfonso II, sin descendencia, asoció al trono desde el 830, como gobernador de Galicia, a Ramiro, hijo de Bermudo I. Murió muy anciano en el 842, y sus restos se depositaron en la iglesia de Santa María de Oviedo, que él mismo había ordenado edificar.